В историческом, теоретическом и практическом аспектах рассматривается структурная реформа железнодорожного транспорта России и анализируются причины ее неоднозначных результатов. Если вести отсчет с 1998 г., когда появилась первая официальная концепция реформирования МПС России, то практические мероприятия по ее развитию длятся уже 17-й год. Тем не менее реформа в том виде, в котором она замышлялась первоначально, далека от завершения, средства для ее осуществления оказались недостаточными, а конечные цели, как следствие, достигнуты лишь частично. Указывается на несоответствие западных моделей регулирования естественных монополий российским реалиям. Железнодорожная отрасль России, ее организационно-технологическая специфика такова, что имеет место сильная зависимость между снижением уровня затрат и увеличением масштабов перевозочной деятельности. Поэтому, как считалось до недавнего времени, государству выгодно, объявив железнодорожного монополиста естественным, не дробить его, не коммерциализировать продукты дробления и не погружать их в конкурентную среду, а установить над таким монополистом жесткий контроль и регулировать его деятельность в собственных интересах. В западной теории применительно к естественным монополистам различают государственное регулирование поведенческого и структурного типов. Оба типа регулирования железнодорожного транспорта в России были применены с искажениями, связанными с особенностями переходного периода экономики страны от плановой к рыночной. Это имело негативные экономические и социальные последствия как для России в целом, так и для корпорации ОАО «РЖД», а сама идея реформирования по западным рецептам важнейшей инфраструктурной отрасли оказалась несостоятельной. Причина заключается в том, что ни отечественная, ни западная экономическая науки к настоящему времени не разработали действенных методов оценки общественной эффективности структурных реформ, по масштабности и значимости сопоставимых с проектом структурной реформы ОАО «РЖД». В статье предлагается оценивать общественную эффективность крупномасштабных железнодорожных проектов - инвестиционных и институциональных (например, структурной реформы ОАО «РЖД») - с помощью макромодели экономики страны. В качестве таковой рассматривается Оптимизационная межрегиональная межотраслевая модель - железнодорожный транспорт (ОМММ-ЖДТ), разработанная совместно с ИЭОПП СО РАН. Приводятся результаты экспериментальных расчетов общественной эффективности проекта реконструкции системы «Транссиб - БАМ».