Статья посвящена изучению актуальных проблем повышения эффективности взаимодействия макрорегуляторов с применением возможностей моделирования и оптимизации организационно-технических и управленческих процессов в сфере транспорта. Актуальность исследования продиктована необходимостью разработки методических инструментов, обеспечивающих повышение управляемости организационных структур, функционирующих в условиях жесткой регламентации взаимодействующими регуляторами в сфере транспорта. Механизм институциональной организации рассматривается на примере процесса лицензирования деятельности предприятий транспортного комплекса и включает принятую систему планов, программ комплексного обеспечения целесообразного функционирования субъектов рынка транспортных услуг, реализуемых путем взаимодействия агрегированных регуляторов в сфере железнодорожного транспорта. В статье представлена модель управления эффективностью процесса взаимодействия государственных и рыночных регуляторов сферы транспорта, включающая компоненты смежных организационных структур, осуществляющих государственное регулирование железнодорожного транспорта. В частности, рассматриваются структурные компоненты разработанной концептуальной модели, системные показатели и их значения, параметры функционирования модели. В основе рассматриваемой модели лежит методология системного управления социально-экономическими объектами и процессами в сфере транспорта. Результаты исследования свидетельствуют о значительном потенциале применения моделирования и оптимизации организационных структур с учетом возможностей организации целесообразного взаимодействия отраслевых регуляторов. С учетом многофакторности процесса институциональной организации лицензирования целесообразно применение механизмов агрегации потенциалов административных ресурсов смежных заинтересованных регуляторов в сфере железнодорожного транспорта. Единые целевые ориентиры их взаимодействия, сформулированные с учетом результатов институционального анализа, открывают новые возможности формирования управленческого воздействия в транспортной сфере. Предложенные подходы позволяют формировать комплексные программы взаимодействия регуляторов, результатом реализации которых становится целенаправленная трансформация регулирующего воздействия института лицензирования деятельности субъектов рынка транспортных услуг. Реализация изложенных подходов предопределяет наборы структурных компонентов концептуальной модели, отражающей процесс институциональной организации лицензирования в сфере железнодорожного транспорта. Представление изложенных подходов в виде концептуальной модели открывает новые возможности в оптимизации организационных структур в условиях взаимодействия регуляторов транспортного комплекса.